La DII está conformada estructuralmente por la Dirección, una Unidad de Administración, un Laboratorio Técnico, un Consejo Asesor de la Dirección y seis Coordinaciones de Área: Gestión Académica. Gestión Administrativa. Gestión de Logística y Servicios. Ingeniería de Procesos Organizacionales (IPO). Soporte de Operaciones. Ingeniería de Información de la Sede del Litoral. Las Coordinaciones de Gestión Académica, Gestión Administrativa, Gestión de Logística y Servicios e Ingeniería de Procesos Organizacionales, son las unidades encargadas de ejecutar las actividades operativas de la DII, mediante la ejecución de proyectos, según sus áreas de conocimiento y macro procesos asociados. La Coordinación de Ingeniería de Información de la Sede del Litoral es la responsable de coordinar y administrar en la Sede del Litoral los proyectos de desarrollo, implantación y documentación de los sistemas de información y de los procesos de la Institución que corresponden a la DII, así como brindar soporte y mantenimiento a los sistemas de misión critica de la USB en la Sede del Litoral. La Coordinación de Soporte de Operaciones, la Unidad de Administración y el Laboratorio Técnico cumplen funciones de apoyo a las otras unidades para el logro de los objetivos de la Dirección.